原住民族土地主管機關歸誰,一直爭議不休,原因是現行「原住民保留地開發管理辦法」在民國七十九年發布,當時沒有成立原住民族委員會,因此主管機關為內政部。但到民國八十五年十二月,原住民族委員會成立後,設有「土地管理處」,使得原住民土地主管機關鬧雙胞。為解決長久以來主管機關的爭議及更符合原住民的需求,行政院長蘇貞昌裁示,原住民族土地的主管機關由現行內政部轉移到原住民族委員會,讓原民會能有權利從事調查傳統領域、增畫編保留地及研擬其他原住民相關土地法案。