只是矛盾的是，當時教育部提出「台大校長遴選爭議案的法律研析意見」，在未發文台大前，就已對外召開記者會宣布。時至今日，教育部已經確定不聘任，理應完成最後的聘任動作，應屬行政處分。
所以，前有管中閔委任律師對教育部提起訴願；對統治權力介入台大校長遴選與聘任、恣意侵犯大學自主與學術自由，表示即使打到大法官釋憲也會堅定到底。 後有台大學生也提訴願書，認為「管中閔兼任台灣大獨董、審計委員和薪酬委員均已依程序申請，並經台大同意，教育部不應恣意指摘，違法擴張法律未有之限制。」；甚至，訴願學生表示「教育部藐視學生的權益，只為政治算計」。
教育部代理部長姚立德，對於台大提起訴願表示，教育部立場沒變；此案最後可能到最高行政法院判決，教育部都會尊重。顯然仍然陷入僵局。當然，訴願處理機關是行政院訴願委員會，代理部長姚立德並不能代表行政院訴願委員會的立場，否則涉有權責混淆、未審先判。
值得一提的是，訴願前提是「教育部要求台大重啟遴選」的命令是不是屬於「行政處分」。曾有支持教育部的學者認為，依《大學法》規定，國立大學校長由教育部聘任，台大是教育部下級機關，屬性上也是行政機構，因此台大校長的聘書是教育部行政「內部」流程，不具備法律上「外部」核定效力。
可惜忽略了《大學法》與《國立大學校長遴選委員會組織及運作辦法》，已將教育部的核定權限縮，為了避免侵入「大學自治」的範疇，國立大學必須經由校務會議同意，產生「遴選委員會」辦理之。而且內含至少3位教育部代表，所以，不能單純以內部「行政機構」認定，否則大學主管全由教育部指派即可，也無庸論及憲法延伸保障的「大學自治」。
最特別的是「教育部5月4日發出不予核備的公文，連是不是行政處分都說不清楚，違反正當的法律原則。」如果不是行政處分，就是無權處分，只是行政指導而已，就應該依據遴委會決議聘任。換言之，教育部要求台大重啟遴選，若認為這不是行政處分，等於是承認自己對此案沒有處分權，那又何來有不聘的權利？
此案未來可能發展，若行政院訴願委員會駁回訴願，或是超過3個月不為決定，或延長訴願決定期間超過兩個月；就可以向高等行政法院提起行政訴訟。尤其是台大，在訴願或行政訴訟的過程中，可向行政法院聲請「假處分」，經法院裁決，決定管中閔可不可以「暫時」擔任台大校長，直到行政訴訟有結果。但必須證明學生上學、老師教學受到極大影響。
事實上，台大的世界排名已然落後，沒有正式校長，很多重大政策無法進行，也很難與國內外機關、學校爭取經費和合作，更嚴重限制台大發展、傷害受教權。甚至，目前代理校長是否有權代理、所發畢業證書是否因此而涉有偽造文書，都是國人所共同關心的。台大不只是學校，更是台灣教育的指標；行政救濟的啟動，捍衛的不只是台大人，更是台灣每一個的權益！
本文章出自中時電子報2018.06.05