高等行政法院裁定撤銷中科三期的環評結論，以及假處分裁定，因此中科三期必須停工、停止營運。環保署長沈世宏表示，此事件的爭議焦點其實是適用法令的爭議，而非單純的環保爭議。而中科三期已營運或興建中的廠商，若未能配合法院的假處分裁定，於法有據，具有正當性。
沈世宏指出，環評法於民國９１年就已修正第１４條，刪除要求環保署通知目的事業主管機關註銷違法開發許可的規定，改為由目的事業主管機關依行政程序法規定處理違法的開發許可。
依行政程序法第１１７條，即使是違法的行政處分，若原處分機關或其上級機關認定，此違法行政處分的信賴保護利益，大於撤銷此行政處分所欲維持的公益時，此行政處分即不得撤銷。而本案正是信賴保護利益大於撒銷許可所欲維持的公益，因此做出不予撤銷開發許可的決定。
（資料來源：２０１０年８月６日聯晚）
