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國內會計界針對稅捐稽徵法第12條之一「實質課稅原則」提出質疑，認為此原則如同稅局的尚方寶劍，只要動用，甚至不在法律規範課稅的經濟活動，也須臣服補稅罰款，常造成納稅義務人在稅務爭訟案件中敗訴。
財政部賦稅署反駁，實務上判斷課稅與否時，仍會以稅法的課稅規範為主，並不會以實質課稅原則進行濫課。
實質課稅原則是對於經濟活動中的實際利益獲得者課稅，目的在防止納稅義務人不當的規避租稅行為，有不少會計師認為，稅局常在案件中，使用實質課稅原則來涵蓋稅法所課不到的稅。
財政部賦稅署表示，外界誤解「實質課稅原則」與「租稅法律主義」牴觸，但實質課稅原則只是一般原則，在實務上判斷課稅與否時，仍會以稅法課稅規範為主，並不會以實質課稅原則進行濫課。
（資料來源：２０１０年１２月３１日經濟日報）