移民署斥資近三十億元，原訂於7月1日對大陸人士啟用的生物特徵辨識系統，因為受到立委及人權團體的質疑，決定延至移民法修正案通過後再實施，對象並擴及港澳與外籍人士。

針對外界質疑生物特徵辨識系統有侵犯人權之虞，移民署解釋，此系統並非如外傳有虹膜、指紋、臉部等查驗手續，僅是採取臉部特徵，如照相般，受檢者只需在特定櫃檯站一下受驗即可。而採取指紋是針對特殊對象，也與本系統無關。