前台北市長馬英九特別費案，一審獲判無罪，其中法院認定特別費具實質補貼性質。法界人士認為，本案為指標性案件，檢察機關偵辦首長特別費案件應有統一見解，避免浪費司法資源。

台北地方法院審理馬英九特別費案判馬英九無罪，法院認為，特別費具實質補貼性質，其中以領據核銷的半數特別費，一經領據核銷，即屬因公支用事實已經發生而合法核銷完成，預算已經執行完畢，沒有剩餘款的問題，更不問實際支出情形。

中央通訊社於民國96年8月14日採訪李永然理事長，其表示法院採納法務部認為特別費是實質補貼的見解，特別費以領據核銷完成後就可加以支配運用，沒有繳回的問題，馬英九並沒有不法的認識存在，另外，貪污治罪條例第五條所指詐領財物，必須要施用詐術來利用會計人員，馬英九並沒有施用詐術，犯罪構成要件並不成立。

他並指出，台南地檢署偵辦台南市長許添財特別費案依特別費有實質補貼性質，予以不起訴處分，今天法院的見解與南檢相同，若已有如此的法院見解，檢察總長應要有擔當，在偵辦相關特別費案上統一見解，對過去歷任首長特別費案件作簽結處理，避免浪費司法資源，將歷史共業的特別費案在此作歷史落幕。