兩岸品種根據的國際公約版本不同，我方採１９９１年新版，陸方則用１９７８年舊版，因此即使台灣農產品種前往大陸註冊，大陸農民仍可種植並採收獲利，反觀台灣農民就無法種植及販賣大陸的農產品種。
兩岸擬簽「智慧財產權保護合作協議」，學者因此質疑台灣農產品不能受到保障，陸委會副主委對此指出，兩岸品種權根據的國際公約版本的確不同，兩岸簽署智財權協議後，就能形成一溝通平台，可要求對方修正，選擇適用新版的國際公約，或在品種保護上要求大陸做出更多認證，以確保台灣農產品種權及農民權益。
（資料來源：２０１０年７月６日中時）