十二年國教實施計畫草案出爐後，家長團體認為，雖然有七成免試入學，但是有三成是特色招生，要甄選或考試才能入學，根本是假免試。對此，教育部長吳清基表示，九年國教是「有教無類」，十二年國教則必須「因材施教」，因為有高中職、五專等各種學制，如果全部免試就不符分流目標，外界對十二年國教的誤解是因為用九年國教的思維來解讀。

教育部長吳清基表示，九年國教與十二年國教是不同的，九年國教是單一型態義務教育，加上國中小密度集中，可用學區戶籍來分發，不過十二年國教是基本教育，以免學費、非強迫、非義務性及免試為主，涉及高中職、五專的分流，必須讓學生適性發展，高中職的設立也不是每個鄉鎮都有，很難用戶籍所在地分發，兩者相同的地方是一種免學費、希望朝免試方向，減輕學生升學壓力而設計。外界認為十二年國教是假免試，是因為用九年國教的思維來解讀，但十二年國教必須「因材施教」，不像九年國教是「有教無類」，如果要全部免試有困難，也和十二年國教依學生性向分流的辦學目標不符。

吳清基部長強調，教育部將舉辦公聽會，徵詢各界意見，十二年國教實施草案原訂6月底前敲定，考慮各界觀點，可再延長討論後再定案，但十二年國教一定會在103學年度上路，不會跳票。
（資料來源：2011/05/25 國立教育廣播電台）