2006年3月15日,第60屆聯合國大會決定設立人權理事會取代人權委員會。根據這項決議,人權委員會將於2006年6月16日解散,人權理事會將於6月19日舉行首次會議。3月22日,聯合國經濟和社會理事會以協商一致的方式透過決議,決定於6月19日廢除總部設在瑞士日內瓦的人權委員會,正式宣告已存在60多年的人權委員會的終結。決議規定,在選舉理事會成員時,聯大應考慮候選國在促進和保護人權方面所作的貢獻,及其在這些方面自願作出的承諾。如同一地區獲得聯大過半數支援的候選國超過了該地區的席位總數,則按得票多寡分配席位。理事會成員每屆任期3年,連續2任後須間隔1年方可尋求新任期。聯大每年改選三分之一左右的成員。經三分之二成員國同意,聯大可中止嚴重違反人權國家的人權理事會成員國資格。聯合國經濟和社會理事會將於2006年6月16日廢除人權委員會,人權理事會將於6月19日舉行首次會議。
大會決定設立共有47個席位的人權理事會,以取代總部設在瑞士日內瓦的人權委員會。人權理事會成員由聯大秘密投票產生,候選國必須獲得聯大全體成員國的過半數支援(即至少96票)方能當選。聯大共有191個成員國,但7個成員國因拖欠聯合國會費被取消了表決權,另有幾個成員國未參加投票。以壓倒性多數透過決議(170票贊成、4票-美國、以色列、馬紹爾群島和帕勞-反對、3票-委內瑞拉、伊朗和白俄羅斯-棄權),人權理事會首屆47個當選成員有:非洲地區組13席:阿爾及利亞、摩洛哥、南非和突尼斯(任期均為1年);加納、加蓬、馬里和讚比亞(任期均為2年);塞內加爾、毛裏求斯、吉布提、喀麥隆、尼日利亞(任期均為3年)。亞洲地區組13席:印度、印度尼西亞、菲律賓和巴林(任期均為1年);巴基斯坦、日本、斯里蘭卡和韓國(任期均為2年);孟加拉國、馬來西亞、中國、約旦、沙特(任期均為3年)。東歐地區組6席:波蘭、捷克(任期均為1年);羅馬尼亞、烏克蘭(任期均為2年);阿塞拜疆、俄羅斯(任期均為3年)。拉美及加勒比地區組8席:阿根廷、厄瓜多爾(任期均為1年);巴西、秘魯、危地馬拉(任期均為2年);墨西哥、烏拉圭、古巴(任期均為3年)。西歐及其他發達國家地區組7席:芬蘭、荷蘭(任期均為1年);英國、法國(任期均為2年);瑞士、德國、加拿大(任期均為3年)。
決議規定,人權理事會是聯大的下屬機構,聯大將在5年後對該理事會的地位進行審查。人權理事會的47個席位按公平地域原則分配。其中,亞洲和非洲各佔13席,拉美及加勒比地區佔8席,西歐(包括北美及大洋洲發達國家)和東歐各佔7席和6席。人權理事會的總部也設在瑞士日內瓦。