1999年東帝汶進行公投，壓倒性地通過獨立，卻引發佔領東帝汶的印尼不滿，發生流血衝突，印尼士兵及其支持的民兵在東帝汶大肆燒殺擄掠，據聯合國估計，約造成1千多名東帝汶人喪生。

2005年東帝汶與印尼成立「真相與友誼委員會」(CTF)，共同調查這起暴動的真相，日前提出結論報告。在長達3百頁的報告中指出，印尼軍隊和民防部隊當時對支持東帝汶獨立者進行「有組織暴力行動」，包括謀殺、凌虐等，並提供資金與武器給民兵脅迫民眾投票支持與印尼統一，此類行為「嚴重侵犯人權」，印尼「負有組織制度上的責任」，應為此道歉，但並未點名暴行加害者，亦未建議給予特赦。

東帝汶與印尼兩國領導人簽署共同聲明，接受該份報告調查結果，同時對各方和受害者表達遺憾，但印尼總統尤德約諾並未為此道歉，亦不打算究責、起訴任何人。

(資料來源：2008年7月16日自由時報)