近年來愛滋受刑人增加不少，監所的管理也頻生爭議。
陽明大學愛滋病防治及研究中心主任陳宜民對於監所管理愛滋受刑人的制度多有批評，他表示部份的監所有不公平對待，如愛滋受刑人出庭時穿著特殊、家屬探監時須在特定窗口等，此作法可能導致受刑人及其家屬身份曝光。另外，在獄中也少有活動時間，多只能關在房裡，嚴重影響受刑人的身心健康。甚至在出獄後，因著管區洩漏隱私，而在居住社區、工作場所等處受到排擠。希望政府能正視這樣的情況，並改善管理措施，勿讓愛滋受刑人被標籤化。